1995年10月，中日尼雅遗址学术考察队成员在新疆和田地区民丰县尼雅遗址一处古墓中发现一张织锦，上边织有八个汉隶文字：“五星出东方利中国。”经研究是汉代蜀地织锦护臂，为国家一级文物，被誉为20世纪中国考古学最伟大的发现之一。

此外在2006年，中国社会科学院考古研究所新疆考古队对喀拉墩61号、62号佛寺进行了重新挖掘，发现了绘制于6~7世纪罕见的多臂菩萨壁画残片及金银器。2002年，“中日共同丹丹乌里克遗址学术研究项目”由新疆文物局、新疆文物考古研究所与日本佛教大学尼雅遗址学术研究机构共同主持，先后4次深入到丹丹乌里克遗址进行科学考察，在对佛寺壁画进行保护的同时采集了钱币、陶器等文物，集合考察成果及相关研究于2009年出版了《丹丹乌里克遗址——中日共同考察研究报告》，为丹丹乌里克最新的研究成果。2002年时还开始了对策勒县达玛沟佛寺遗址的发掘。分别于2002年、2010年对托普鲁克墩一号、二号、三号佛寺进行考古挖掘，先后出土了大量壁画、塑像、擦擦等佛教文物。综合壁画风格与所出文物来看，遗址年代当在6~9世纪。