营盘山遗址的文化堆积较为丰富，文化层最厚处可达2.20米，其上层为春秋战国时期的石棺葬遗存，下层为内涵丰富的新石器时代遗存。新石器时代遗迹包括房屋基址11座、人祭坑9座、灰坑120余座、窑址4座及灶坑13座等。

中部地带发现较多的柱洞、基槽等房屋基址和窖穴类遗迹，应为居住区；遗址中部偏西地带发现有大面积的硬土活动面遗迹，地势较为平坦，硬土面下清理出人祭坑多座，应是举行包括宗教祭祀在内的公共活动的广场区；广场区以北地带发现有多座窑址和数量丰富的灶坑遗迹，应是集中烧制陶器的手工业作坊区；另在遗址中部偏北地带发现有多处灰坑遗迹，坑内出土了大量的细石叶、细石核、燧石器、燧石原料及半成品，推测此处可能为集中制作细石器的地点。