段清波教授著《秦始皇帝陵园考古研究》书影

2006年，段清波由秦汉考古转向长城资源研究。这一年，国家文物局决定，对我国现存历代长城资源进行一次“大体检”，涉及全国15个省份的“长城资源调查”随即启动。段清波被任命为陕西长城资源调查队项目领队。

两年多里，他带领调查队员调查了陕西境内1900公里的长城遗址，此后他又承担了甘肃省部分长城的调查任务。在此基础上，他组织编写了《陕西省早期长城资源调查报告》《陕西省明代长城资源调查报告》与《中国历代长城发现与研究》等著述。

西北大学讣告对段清波评价称，他的研究成果，揭示了秦始皇陵多元文化因素及其反映的秦帝国政治体制特征，归纳出以汉文明为代表的中国文明的文化特质。他还提出从“宇宙观”“社会治理体系”“核心价值观”三观视野下认知文化遗产核心价值的新理念，在国内外学术界产生了重要影响。

2009年，段清波重返母校，任教于西北大学文博学院，2010年至2014年担任西北大学文化遗产学院副院长，2017年担任院长。

今年6月，在西北大学文化遗产学院毕业仪式上，院长段清波向84名学士、59名硕士、9名博士毕业生做了寄语。他的最后一讲仍是以考古为主题，向毕业生讲述“考古学是什么”。他将考古学研究目标分三个层次：盲人摸象阶段的皮毛层次（考古）、构建文明架构的筋骨层次（考古学）、阐释人类社会发展规律的灵魂层次（历史学）。

他对毕业生的嘱托，是希望西大考古人能立足西北大学考古学科“立足长安、面向西域，周秦汉唐、丝绸之路”的定位，“具备阐释中国文化、中国文明形成过程及特征以及周秦汉唐时代特征的能力。”

而当时，段清波体内转移至左肺的肿瘤，一个月之内“疯长”了1厘米。2016年，段清波罹患肾癌并发骨转移，随即进行了右肾摘除手术。今年7月2日，段清波再次进行手术，为了修改学生毕业论文，此前这次手术推迟了一个月。