在决定改造雍和宫之后，乾隆咨询了章嘉活佛，将雍正的藩邸雍和宫进行了重新规划，改建了庙宇，又集合了蒙古、喀尔喀及汉藏地区的500名天资聪颖的年轻喇嘛在这里长驻，并创建了四大经院。

至此，雍和宫正式成为藏传佛教黄教最高规格的寺院和皇家第一寺庙，不仅成为高僧大德向往之地，也是沟通中国历届中央政府与蒙古、西藏地方的纽带和桥梁。乾隆赐其名为“雍和宫”，从字义上理解，就是宏大、昌顺、和谐的宫殿。在藏文中称为“噶丹敬恰林”（意为兜率壮丽洲），意思是弥勒菩萨的兜率天宫，佛国净土。

由于雍和宫的前身是王府，改为寺庙后依然保留着王府建制，所以它的建筑格局跟其它的寺庙大有不同，看上去就像一座简缩了的王宫。

雍和宫的宫门朝南，分东中西三路。全部建筑严格按照南北中轴线的形式建造，相互对称，造型庄严。在由南到北近500米长的中轴线上，依次排列着牌坊和天王殿、雍和宫大殿（大雄宝殿）、永佑殿、法轮殿、万福阁等五进宏伟大殿，东西两侧对称地分布着东西配殿、“四学殿”。

整个寺院内殿阁交错，飞檐纵横，宇脊勾连。整个院落的建筑布局从南向北逐渐缩小，而殿宇则依次升高，形成一种“正殿高大而重院深藏”的格局，巍峨壮观，气势轩昂，既有浓厚的宗教气氛，又具有汉、满、蒙、藏民族的特色。