今天我们看到的圣彼得大教堂和拉斐尔当年的设计已经有了较大变化。自16世纪始，这座教堂就被不断地改建。而且每一次改建都是由当时最权威的建筑师或艺术家担当总督。在拉斐尔这里，他的核心设计理念就是遵循巴西利卡式结构，挑高的肋拱和放射状的祭坛中心结构，围绕着祭坛的还有七个圆形的耳室或小礼拜堂。无论从入口直入祭坛，还是在祭坛四周环绕的空间结构中，祭坛都是轴心，其中的寓意很明显——中心即是上帝，他的意志无所不在。此外，拉斐尔也将自己绘画中卓越的光与影运用到了教堂的设计中，教廷入口处有意处于黑暗中，而后走向祭坛渐渐明亮，直至祭坛为光线最盛处，加之台阶为大理石，更增添了这份光芒万丈。

拉斐尔生前没有实现教堂所有的设计，最终由米开朗基罗接棒完成改造工程，而且米开朗基罗违背了拉斐尔的心意，他取消了“光影变换”的视觉效果，直接为建筑安了一座大穹顶。再后来，杰出的雕塑家、城规师和建筑师贝尔尼尼设计了圣彼得大教堂前的圆形大广场，以及祭坛的华盖。所有这些完成，才是我们今天在梵蒂冈所见的圣彼得大教堂最终的样貌。对了，今天在祭坛华盖背后高高的墙上挂着的正是拉斐尔的那幅著名的《基督变容图》。