雍正皇帝在做了不到13年的皇帝后突然驾崩，他的灵柩就停放在雍和宫永佑殿内长达一年。他的儿子弘历继位成了乾隆皇帝，下令将雍和宫中路的殿宇升级，把绿色琉璃瓦瓦全部换为黄瓦，与紫禁城皇宫一样规格，以此表示这是皇家殿宇，这还仅仅只是雍和宫辉煌的开始。

在乾隆年间，在雍和宫的永佑殿供奉了雍正皇帝的影像，乾隆皇帝会按照季节来到这里行礼上祭，僧人们也天天诵经，当时雍和宫便成了清朝皇帝供祭先人的祠堂。

乾隆九年，乾隆皇帝决定将雍和宫正式改为藏传佛教喇嘛庙。这一来是因为雍和宫作为潜龙邸，子孙后代是无人能住，也不该住、不敢住的。但是，如果长久闲置，必然显得荒凉，更不足以“宏衍庆泽”。所以，作为后辈来讲，若能将这里改为一座皇家寺院，而且是一座藏传佛教格鲁派寺院，再选一些高行梵僧住在里面，“香幢宝纲，夕呗晨钟”萦绕其中，在瞻仰之余，又可缅怀先辈，这岂不是一种最完美、最恰当的祭奠方式！

民间还有一种说法，说因为雍正生前杀戮太多，孝圣皇太后想为他祈福赎罪。说到这里，想起忽必烈的女儿为了能够消除父王的征战之罪，曾长年在潭柘寺内诵经拜佛，因年深月久而在观音殿上留下两个脚印的故事。

虽说雍正皇帝身有杀孽，但从历史角度来看他称得上是一位明君，其功绩也是有目共睹的。乾隆本是文韬武略之君，在章嘉活佛的感召下，又多受清朝宫廷环境的影响，也信奉藏传佛教，对弘扬佛法之事是倍加支持。因而，乾隆产生借舍宅为寺的功德超度其父的在天之灵的想法也是无可厚非的。