学校的校产在长期的战乱中也发生了被侵占或租借逾期不还的现象。许多校舍也存在着年久失修的问题。学校有计划陆续收回并维修。上海美专在漕溪路有校舍建筑基地十五亩，学校在土改运动中认识到了时势所趋，以全体师生的名义决定将这块建筑基地献给人民政府作为共和国成立两周年的献礼。学校唯一的请求就是将1934年校董主席蔡元培亲自在基地奠基的基石从河里打捞出来，作为献地的纪念。1952年3月，校长刘海粟给华东军政委员会教育部写信，申请补助费为学校增辟运动场地。但没有得到回复。

紧接着学校开始文艺整风运动。在双月的学校工作报告中写道：“在整风学习之前，我校是以资产阶级艺术思想占统治地位的，反映在教学上，基本练习压倒创作，成为单纯技术观点的创作，轻视民族遗产，以盲目崇拜西欧形式主义艺术，轻视普及，不适当地重视油画。”刘海粟在这次整风运动中的自我检查是“贩卖欧洲形式主义艺术塞尚、凡·高及‘美专第一’的宗派主义的错误”，他指的宗派主义是与徐悲鸿的三十多年的对立。在运动的大势之下，刘海粟完全否定了自己曾经的艺术追求与信仰。尽管在政治地位上刘海粟已远远落后于他的同仁，但在专业教学上还是处于重要位置。他领衔学校绘画科的教学科研工作，初步制定了绘画科的任务：“根据新民主主义的文艺方针及马克思主义的理论与方法，培养为人民服务的美术工作者应有的技能和知识。”从艺术理念到教学理念，刘海粟都随着时代的潮流而或被动或主动地改变着。这时的刘海粟渐渐被排除在主流之外。作为校长的刘海粟不断地在思想改造的大会小会上作自我检查，并且要接受群众的尖锐评价。群众普遍认为“刘校长有严重官僚主义”，“刘校长不常到校，不联系群众，什么事情不管，只拿薪水”，甚至有人讽刺刘校长像大地主，不能参加土改。可以想象此时的刘海粟突然从一校之家长变成了群众运动所批判的对立面，这种心理的落差是极难调适的。

1952年8月，经过了一系列“三反”运动、整风运动，华东军政委员会开始了又一项举措，对高等学校进行普查。刘海粟没有进入上海美专普查工作的领导小组。上海美专的普查表格包括了学校概况、三年来教师数变化情况、三年来专任教师提升聘任情况、专任教师每周时数分配情况、各科三年来学生数变化情况、现在各年级学生数、各科经费开支调查表、各项收入调查、教职员工资调查表、建筑面积普查表、图书调查等等。这份普查资料详尽地介绍了上海美专近三年来的营运以及固定资产的情况。在此之前的一个月，华东军政委员会教育部发出了关于召开有关华东区高等学校院系调整的准备会议，要求各校准备校舍材料，包括校地总面积、各种场地面积、各种房屋；人事材料，包括最近的教职员工名册及学生数等。上海美专详细地列出了学校的家具清册、校产清册等。经过7、8月份的两次彻底清查，上海美专的全部信息在新政府报备完整。1952年8月16日，华东军政委员会教育部发令宣布公私立学校院系调整。上海美专的部分校产，如图书等移交给其他学校。

上海美专最终定格在1952年9月。10月17日全体师生前往无锡。这所刘海粟一手创办，与他一同走过40年的学校最终与苏州美专、山东大学艺术系合并为华东艺术专科学校。新政府邀请刘海粟做华东艺专校长，刘海粟以身体衰弱为由推辞，不过在中央的再三邀请下，刘海粟还是接受了任命。文化部长彭柏山说他可以不去管行政的事，自己创作就可以。的确在之后刘海粟再也没有具体操作过学校事务，而是真的投入到写生与创作中去了。