至此，这篇文章的核心观点基本全部亮出。“国际顶级学刊”+“阐释上古悬疑”+“推翻现有结论”，文章无疑充满爆点，引起学术圈和公众的广泛关注，也是自然而然的。不过，在国内外学界对中国“夏朝”问题均有百年研究的前提下，这些立论无论是在上游洪水的波及范围、夏朝的起始年代还是文章的一些细节上，都在国内外考古学者当中激起质疑。

证据链不足，考古学家质疑地质学家

8月18日，河南省文物考古研究院副院长刘海旺接受大河报采访时表示，今年7月，机缘巧合，自己曾遇到《科学》杂志驻中国的相关负责人，这位负责人给他看了这篇论文的英文原版并征询看法。刘海旺在黄河下游的内黄等地发掘过汉代聚落遗址，由于遗址处在黄河故道，他们曾对附近地域黄河两岸一万年以内的沉积做过调查，他对该负责人表示，至少目前并没有发现有任何大洪水的遗迹。

上海博物馆馆员张经纬等人认为，黄河上游洪水能够影响下游2000公里的推测，想象多于科学依据。而且，文章将古籍中记载大禹“导河积石”与洪水发现地“积石峡”的重名联系起来，虽然表示是否巧合有待历史地理学来研究澄清，但甘青交界的积石山、积石镇得名在隋文帝之时，文章显见有“望文生义”之嫌。而且大禹治水的范围，学术界倾向于认为只能在郑州以东，不可能产生在黄河中上游一带，中上游有充分的回旋余地，大禹不可能远赴青海治水。

就二里头文化的起始年代，文章也被认为存在一个不大不小的“硬伤”。“二里头文化开始于公元前1900年，是已经被淘汰的旧数据，根据最新结项的中华文明探源工程，二里头文化的上限年代为公元前1750年，比大洪水的年代晚了一两百年。”方向为新石器时代和夏商考古的河南省文物考古研究院方燕明研究员受访时表示，他对论文作者在二里头年代上的数据感到困惑。

如果这个数据有误，大洪水与二里头文化“攀关系”无疑很牵强，而依据洪水测年改写夏朝起始年代的争议则更大。采访中，诸多考古学人对这一点尤为不解，如果顺着大禹治水这个方向找夏朝的线索，那么就是基本认可了先秦文献关于大禹和夏朝的记载，而无论是古代文献记载、几代考古人的探索确定还是最新的考古发现都说明，大禹治水和夏的传说是围绕中原附近展开的，时间在公元前21世纪至前16世纪的范围之内，夏商周断代工程给夏的定论是公元前2070年~公元前1600年。“但论文给出一个颠覆性的答案，就形成一个悖论，它认可了夏与大禹的概念，却又彻底否认了文献中给出的夏与大禹的时间和空间，所以这根本不是历史学的研究，不是文献本位的研究，也不是考古学的研究。”中国社会科学院考古研究所研究员、夏商周考古研究室主任许宏受访时直言。

许宏认为，这篇论文用了一个很吸引人眼球的题目，“我觉得这篇文章可以是一个很好的地貌学的、关于地震与洪水的研究，但根本推导不出所谓的关于大禹和夏的结论”。

当然，有人认为一味批评《洪水》一文也是有失偏颇的，特别是由于该文由自然科学领域而非传统考古领域学者主刀操作，引发争议后被一些文史爱好者诟病“隔行如隔山”。这么说确实刻薄了些，且不说，多数学者对《洪水》一文对古堰塞湖的小心求证，以及从地质学和环境学出发研究夏文化的这一视角给予肯定，单说自然科学与考古的握手合作，也早已是一个趋势。

正如河南省文物考古研究院院长贾连敏在受访时说，自然科学的手段可以解决很多传统考古学原先无法解决的问题，很多考古项目包括夏商周断代工程本身就是多学科合作的结果，动植物考古、体质人类学、气象学等自然科学在一些数据的取得上功不可没。不过他也认为，自然科学作为手段应该纳入考古学的理论、方法和体系中去，否则，就会游离于考古学的把控之外而出现偏颇。