《叭叭鸟图》 日本国立美术馆藏

牧溪生活的年代，是日本镰仓时代，正是日宋贸易繁荣的时期。在 1176 至 1200 年间，有多处关于日本船只到达中国大陆的记录。随着贸易的发展，大量的中国陶瓷、织物和绘画输入日本。这些物品所展示的“美”成为日本权力者憧憬和追求的目标。牧溪的大部分画作大约也在南宋末年流入日本，对日本美术史的发展产生了巨大的影响。因此，现在牧溪的作品主要收藏在日本。

另外，镰仓时代中国禅宗作为新佛教的主流风靡日本，这也增加了日本对牧溪作品的推崇。正如日本著名学者铃木大拙曾经明确指出禅与水墨画的内在联系：“水墨画的原理实际上正是由禅的体验引发而来。东方水墨画中所体现的诸如直朴、冲淡、流泽、灵悟、完美等种种特性，几乎毫无例外同禅有着有机的联系。”