林风眠作品《大丽菊》

1927年12月，蔡元培采纳林风眠提出建立江南艺术大学的建议，通过了《等办国立艺术大学院提案》，决定林风眠负责等建国立艺术院，地点在杭州西湖畔。创作油画《人道》。

1928年1月，参加南京《第一届艺术展》，展出《人道》等作品。

3月，任杭州国立艺术院院长兼教授。

3月26日，蔡元培偕夫人专程从南京来杭州参加国立艺术院开学典礼。在上海举办大型个人画展。夏，发起成立艺术运动社。

1928年10月，国立艺术院院刊《亚波罗》创刊。发表论文《原始人类的艺术》、《我们要注意》、《徒呼奈何是不行的》。创作油面《金色的颤动》、国画《白鹤》。是年留法归来的张道藩，欲谋求艺术院之职，被林风眠拒绝。

1929年1月，“西湖一八艺社”成立。2月，同林文铮共同制定《艺术教育大纲》。3月，发表《中国绘画新论》。

1929年4月，参加教育部举办的第一届全国美展，展出油画《贡献》、《海》、《南方》，并任评选委员。兼任西湖博览会艺术馆主席，主办西湖博览会艺术馆。

1929年5月，西湖博览会在杭州开幕。8月，参加国立艺术院在上海举行的“艺术运动社”首届美展。

1929年10月，奉教育部令，国立艺术院改为杭州艺术专科学校。为纪念熊君锐牺牲创作油画《痛苦》。组织成立“亚波罗”社，出版《亚波罗》杂志。

1930年暑假与潘天寿赴日考察教育。并在日本东京举行“艺术运动社”及杭州艺专教授作品展。为《前奏》月刊撰写发刊词。

1931年春，“艺术运动社”作品在南京举行第三次展览。《亚丹娜》创刊。5月，蔡元培发表《二十五年来中国之美育》，对国立杭州艺专的创建作了充分肯定。

1932年发表《美术的杭州》。

1933年发表《我们所希望的国画前途》。

1934年发表《什么是我们的坦途》。创作油画《悲哀》、《构图》等。创作国画《细语》、《白羽》、《春雨》等。3月，参加国立杭州艺专在上海中法友谊会举行的第四届展览会。

1935年由中正书局出版《艺术丛论》。其中包括1926年至1934年写的9篇论文及1篇《自述》。

1936年1月，在蔡元培七十寿辰宴会上，林风眠与沈均儒、黄炎培、马寅初、于佑任、林语堂、朱屺瞻、王昆仑、李四光、丁西林、刘海粟等人提出捐款办孑民美育研究院。

1936年由商务印书馆出版《一九三五年的世界艺术》，包括15篇论文。发表《知与感》。冬，在上海公学举行画展，展出油画、国画作品百余幅。

1937年抗日战争爆发，随学校内迁，先至浙江诸暨、江西，后到湖南长沙。迁徙时只带走国画作品，油画舍弃，被日军作雨布用。这是林风眠作品第一次大批损毁。

1937年4月，参加第二届全国美展。在香港大学举办林风眠个人画展，展出作品百余幅。

1938年教育部将北平艺专、杭州艺专两校合并，迁到湖南三沅陵，委任为主任委员。秋，学校改组，被迫辞职。辞职后为学生题词“为艺术战”。