郭应麟林翠锦在厦门中山公园结婚照

1934年，郭应麟与出生鼓浪屿的名媛林翠锦结为伉俪。林翠锦女士1904年出生在菲律宾依琅，曾就读于集美师范学校。她的三位表姐分别嫁给了陈嘉庚的三个儿子，三姐妹成为三妯娌，当时被传为美谈。这也注定了郭应麟林翠锦夫妇与陈嘉庚一生的不解之缘。

1937年7月抗战全面爆发，为逃避战乱，郭应麟出走南洋，到新加坡出任南洋美术专科学校美术教员。南洋美术专科学校由厦门美专创办人之一的林学大（1895—1963），在陈厥祥（陈嘉庚之子）以及校友会的推动下创办，揭开了南洋本土美术教育的序幕。教员中包括林学大（校长）、邱应葵、郭应麟、钟鸣世、谢投八等。谢投八曾说：“南洋美专是厦门美专在海外的延续”。南洋美专的创办被视为是20世纪初中国现代美术教育体系向海外华人延伸的典型范例。

1941年12月8日新加坡沦陷，郭应麟随郭美丞到印尼泗水避难，先在华侨小学教书，一年后与友人开办丽都礼品店。1942年，陈嘉庚避难到印尼，郭应麟为掩护嘉庚先生，主动放弃礼品店的生意，全家搬到中爪哇梭罗（Solo）租屋暂住，以后又迁居东爪哇玛琅（Malang）。郭应麟将陈嘉庚化名为“李文雪”登记到他在泗水开办的丽都礼品公司户口簿内。这样，陈嘉庚就成了战前迁入爪哇，在泗水住过五年的“合法居民”，并取得了身份证。这也是陈嘉庚先生得以一次次能摆脱日本人围捕的重要原因。而郭应麟在这三年间，经营土产生意，后又开设牙刷厂，完全放弃了绘画。

1945年日本投降，9月底郭应麟陪同陈嘉庚乘火车赴雅加达。陈嘉庚在离开玛琅前，将亲自誊写的十本《南侨回忆录》，交给郭应麟夫妇保存。上世纪80年代，夫人林翠锦委托子女分两次将书稿捐献给国家，现存于集美陈嘉庚纪念馆，成为该馆的镇馆之宝。

上世纪50年代，郭应麟的子女渐渐长大成人，能帮忙管理经营，他不用再为生活奔波，开始重新拿起了画笔。