从决定到启程，不过数天工夫，其实早在半年前，缜密的准备就已开始。为了给文物提供一个防震防摔、绝对安全的“移动仓库”，故宫人专门定制了一批长三尺、高宽各一尺半的厚实木箱，也特意从琉璃厂的古玩店学来文物装箱窍门。每件文物的包装至少有4层：纸、棉花、稻草、木箱，有时候外面还套上个大铁箱；针对不同类别的文物，还有不同的注意事项——比如，书画等纸质文物千万要包上油纸，以免雨水浸湿。

当时，没有人确切知道如此众多的这些文物要去往哪里，停留多久。20来名故宫人立下“人在文物在”的誓言，便匆匆启程。第一批登上火车的文物从北平西站出发，计划开往南京浦口。一路为躲避日军轰炸，舍近求远，绕道平汉线郑州转陇海线徐州，兜圈上京沪线。等列车到达浦口，人们才发现，浦口没找到适合保存文物的地方。一时间，所有文物不得不留在火车上，这对于娇贵的古籍善本、书画文献来说，绝非长久之计。足足等了一个月，故宫人才收到将文物转运上海的指示。

这些文物暂时保管在上海的法租界，一待就是三年。清点文物时，故宫人用了“沪”“上”“寓”“公”四个字分门别类编号，颇有一种背井离乡、居无定所的感慨。1936年秋，随着故宫博物院南京分院文物保存库在南京朝天宫落成，所有暂放在上海的文物安然迁至南京。可惜好景不长，1937年淞沪会战爆发后，文物又不得不踏上征途，分南、中、北三路辗转西迁，水陆交通并用，分别运往贵州安顺“华岩洞”（后运往四川巴县）、四川峨眉和四川乐山，在西南“避难”七八年之久。

抗日战争胜利后，文物复归于重庆，于1947年运回南京。日后，一部分被运至宝岛台湾，保存于台北故宫博物院，一部分于1950年、1953年和1958年分三次运回北京故宫博物院。