桑德罗·波提切利《女神帕拉斯·雅典娜与半人马》局部

波提切利晚年，佛罗伦萨发生了一场大动荡，美第奇家族被驱逐。圣马可修道院的修士萨沃纳罗拉掌管了佛罗伦萨。他一改佛罗伦萨过去的奢华之风，提倡人们过简朴的修行生活，并忏悔自己的罪过。波提切利亲手烧毁了自己的不少作品，把精力投入到宗教题材绘画的创作中，他晚年的很多画面都充满着神秘、严肃与悲哀感。然而，他的画渐渐地不再受市场的欢迎。从1502年直到1510年去世，他没有收到过任何一张订单。这位大画家最终在贫病中离世。

直到19世纪，波提切利的艺术价值才被英国 “拉斐尔前派”的画家们重新发现，波提切利被他们奉为艺术上的精神导师。“拉斐尔前派”画家佩特说：“波提切利笔下的世俗之人和圣人都流露出一种特别的感伤，他们迷人，有时恍若天使，但又似乎流离失所、茫然无措……这激情和能量带着一种不可名状的伤感情绪。”画家罗斯金则认为，波提切利的艺术表达了“遗憾的叹息、柔弱的倦怠、一种和现实相较显得荒诞的恣意。”