清代的粮仓建得好，而粮仓滋生的“仓老鼠”也格外嚣张。早在康熙时期，清朝走向富强，同时，在元、明仓弊基础上形成和发展起来的仓弊问题也达到了顶峰。

康熙皇帝心慈手软无法根治和肃清，而雍正皇帝在位时间短也没能解决这个问题。年轻的乾隆20多岁即位，他痛下决心要彻底治理京师十三仓。结果发现，所有的官仓中都存在触目惊心的贪污行为：很多粮仓设计成了双层，下面一层是空的，只在上面撒一层粮谷；有的在米里掺进石灰，使米发涨，或者掺进沙子以掩人耳目。那么粮米都哪里去了？被人偷去卖钱了。那是谁偷的？就是那些“仓老鼠”、“仓匪”。乾隆经过严查，惩治了一大批贪污腐败的官员，彻底整顿了管理阶层的秩序，使国力大增。

清中期以后政治腐败加重，财政陷入极度困难的境地。此时，社会治安也相当恶劣，常有匪徒在各仓场附近聚众抢劫，毫无忌惮，所以官仓存粮量日益减少。

并且，随着社会的发展，漕运制度也在不断发生变化，到光绪年间干脆彻底废止了，京城和通州的官仓也就逐渐闲起来或者改作它用。随着封建制度退出历史舞台，京、通仓弊最终得以消亡，那些象征着财富的聚集和流动，昭示着富足与丰盛的皇家粮仓，现在也仅剩下了位于东四十条西北角的一座南新仓。

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