然而，矿石开采还在继续，遗址保护危机尚未过去。

　　1999年12月底，省文化厅向省政府提交了“关于三明万寿岩旧石器时代洞穴遗址保护有关情况的紧急汇报”。

　　2000年1月1日，时任代省长习近平作出重要批示，明确指出：保护历史文物是国家法律赋予每个人的责任，也是实施可持续发展战略的重要内容。万寿岩旧石器时代洞穴一直作为不可再生的珍贵历史文物，不仅属于我们，也属于后代子孙，任何个人和单位都不能为了谋取眼前或局部利益而破坏全社会和后代的利益。

　　他要求，“三明市政府立即采取有效的安全防范措施，加强对洞穴遗址群的保护；协调、帮助三明钢铁厂尽快在异地选定新采矿点，做到保护文物和发展生产两不误”，同时，决定由省财政拨款50万元，用于遗址群的考古发掘和保护工作。

　　时隔不到一个月，1月25日，习近平在省人大常委会《关于依法保护三明万寿岩旧石器时代洞穴遗址的意见》上再次批示：“省政府高度重视三明古代遗址保护，已于去年底专题协商，做出初步保护安排。请省文化厅进一步提出全面保护规划和意见。”

　　习近平批示后不久，三钢马上落实，以大局为重，全面停止了在万寿岩的爆破开采，异地选定了新的采矿点，而用别处的矿石，每吨成本要高出15元。

　　“矿石易找，文物难求。当年领导能舍弃一时经济利益，毅然决定支持保护遗址，没有惊人睿智和长远战略眼光，是不可能做出这样的决策的。”王远林感叹。