在30岁的年纪，拉斐尔已经达到了荣誉的巅峰。他的画作，既能得到教皇和贵族们的褒奖，也能获得平民百姓的喜爱。他的画既有神明在人间的血肉动感，又有一种战争与和平、痛苦与快乐、尊重与压制的和谐状态，这是人文主义的核心目标。

拉斐尔留存至今的作品有300多幅，其中以圣母圣婴为题材的作品有40多幅。拉斐尔塑造的圣母，仿佛是天性的自然流露，纯真优美、庄重自然，充分体现了安宁、协调、和谐、对称以及完美和恬静的秩序，世上哪里有如许美丽的女性模特？

拉斐尔生前曾说：“……美人难得一见，我只好靠自己的想象来创造一位理想中的美神。”但拉斐尔似乎撒了一个谎，而谎言的谜底，就藏在他的画中。

拉斐尔大部分时间都是住在由布拉曼特设计的梵蒂冈宫殿里。他一生都没有结婚，但是他曾与一位红衣主教的女儿玛利亚·比别娜订了婚——当时传言拉斐尔将因卓越的绘画才艺而被教皇破格提名为红衣主教，这桩婚事就是最好不过的铺垫。但是拉斐尔对这桩婚事很不上心，直到他去世，他都没有和玛利亚结婚。

但罗马当时还悄悄流传着一种说法，说那个来自锡耶纳的面包师的女儿玛格丽塔才是拉斐尔的真爱，他把她藏在了自己的画里。

一直以来，《弗娜丽娜》被认为是拉斐尔作品中的珍品。1814年，安格尔绘制了一幅弗娜丽娜坐在拉斐尔膝盖上的作品。19世纪巴尔扎克也同样提及过拉斐尔和弗娜丽娜。到20世纪，毕加索用一系列铜版画《拉斐尔与弗娜丽娜》，描绘了这个爱情故事……

2005年左右，意大利艺术史学家库鲁兹向世人宣布，拉斐尔和传说中的情人玛格丽塔曾秘密结婚，但迫于两人悬殊的社会地位和舆论压力，拉斐尔一直严守着这个秘密，并最终将它带入坟墓。但如此深沉的情感想要让其消失不太容易，于是人们看到了有一双深色眼睛的美丽女子弗娜丽娜，她也出现在了集合人类最高的智慧与道德的《雅典学派》中，暗喻了一代画坛巨匠不平凡的秘密爱情。

库鲁兹对拉斐尔与卢蒂秘密婚恋的推断是基于多方面的证据，其中包括对拉斐尔同时代各种文献资料的研究和画作修复过程中使用X光技术得到的证据。

《弗娜丽娜》这幅被认为是达芬奇名著《蒙娜丽莎》翻版的拉斐尔名画，描绘了半遮在精致薄沙之下、有一双深色眼睛的美丽女子弗娜丽娜。其实，拉菲尔生前未完成这张手臂上带有臂环的裸女像，而是由他的学生在他死后完成的。库鲁兹指出，原画中一系列有关婚礼的饰物都在暗示拉斐尔那场秘密婚恋。画中弗娜丽娜右手置于左胸之前的动作，在传统上表示爱的“坚贞”——人们认为“爱”来自跳动的心，用手捂住，象征着指出它的来源和存在，并保护这份珍贵的感情。可是，他的学生却将画上暗示着婚姻的饰物统统抹去：将只有新娘在婚礼上才能佩戴的珍珠别针抹去，“珍珠”的拉丁文就是“玛格丽塔”；将弗娜丽娜左臂膀上的蓝色带状饰物上刻有拉斐尔名字的字样抹去，这名字代表的不仅仅是签名，而是有情人彼此的归属；将结婚戒指抹去；遮盖了画中的背景图案，那是象征着爱情、生育力和忠诚的植物——香桃木和温柏树叶，这些植物是文艺复兴时期求爱的信物……

拉斐尔死于1520年4月6日，这天正是他37岁的生日，也是基督教的耶稣受难节。关于他英年猝逝的原因众说纷纭，有说是由于长久坐着工作而带来的忧郁症，有说是肺病或伤寒，有说是长期使用含有水银与铅的颜料导致的慢性中毒，但更多的人倾向于他死于情伤：死前一周，也就是与主教女儿定下婚期之后，拉斐尔“消失”了一个星期，有人信誓旦旦说看见他去了玛格丽塔住处，回来时发着高烧。他没有对医生说出病因，而医生又错误地采用了放血疗法，以致回天无术……

他被安葬在罗马万神殿，墓志铭上刻着：

这是拉斐尔之墓。

他在世时，自然女神担心会被他所征服；

而他死时，自然女神又害怕会跟着枯萎。

拉斐尔去世4个月后，一个署名“寡妇玛格丽塔”的来自锡耶纳城面包师之家的人加入了罗马圣阿波洛尼亚女子修道院。