米歇尔·司各特所著的《天文大导论》（Introductorium maius in astronomiam）的15世纪抄本

在民间传说中，皇帝和米歇尔·司各特的结缘过程很传奇。迷信的腓特烈想聘请一位皇家占星师，应聘者如云。皇帝亲自出考题：明天，皇帝会从哪个城门出城？然后，让各位大师把答案写在答题纸上。腓特烈精灵古怪，让人连夜在城墙上开了个洞，第二天大摇大摆地穿过从新开的洞出城，皇帝以为没有人能算出来。但米歇尔·司各特的答题纸上赫然写着：皇帝会从一条新路出城。这让皇帝又惊叹又敬佩，从此，这位苏格兰人成为皇帝的心腹术士。

根据意大利人弗朗切斯科·皮皮诺（Francesco Pipino 1270-1328年）的记载，说司各特的法术极准，甚至算到自己会死于头部的重击，所以他整日戴着钢盔度日。但人算不如天算，约1230年的一天，他陪同皇帝上教堂做弥撒，出于对皇帝的尊敬和礼节，他把钢盔摘了下来，就在这时，空中突然掉下一块小石子砸中了他。但他没有当场毙命，还对这块石头进行了观察，交待了很多事后才去世。这当然是一个传说，在教廷的文献中，米歇尔最后出现在1232年4月28日，现在的历史学家推测他在1235年左右去世。但丁的《神曲》把这位玄学大师放置在地狱第八层第四囊的一群占卜者中：“那另一个两肋那样瘦的人，是米歇尔·司各特，他确实会施邪术妖法。” 不管怎样，腓特烈二世非常相信玄奇事件，他相信并敬畏命运的。

皇帝感兴趣的事很多，为了知道饭后运动还是休息有助于消化，他让人带来两个死囚，让他们大吃大喝了一顿后，让一个人外出骑马打猎，另一个躺着睡觉。第二天早晨，皇帝令人切开这两人的胃和肠子查看消化状况。实验的结果是：饭后休息消化得更好。