“杭州许多老街、小巷、石桥、古井，体现了朴素、淡雅的城市格调。”毛昭晰说，“杭州原来许多住家院子里有天井，墙壁上都爬满了蔷薇。20世纪70年代末，杭州市区仍保持着从吴越国到南宋、明清以来的传统格局和历史面貌。”

在1999年的一个研讨会上，毛昭晰痛陈历史文化名城和历史文化保护区屡屡遭破坏的现象，他呼吁，历史文化名城保护已刻不容缓：“每一座历史文化名城都有自己的特色和风貌，它们所包含的历史文化信息是不可替代的，一旦遭到破坏，这些信息也就随之消失，最终会造成无法弥补的损失。”

一次去兰溪，当看到当地古城区古老的民居，古朴的石板路，9条小巷入口处都在墙上嵌有石牌，石碑上记录着小巷的名称、长度、宽度和历史。毛昭晰激动了：“浙江能保留下这么好的民居和小巷，当地官员有功啊！”

毛昭晰说，商人中也有重视历史文化的，如杭州一家房地产企业曾将杭州许多古街巷和一些建筑物拍下来，举办了一期题为“留下城市的脚印”的展览，展览中许多代表着城市印记的建筑后来都彻底消失了，实在令人痛心。但这家公司把这些印记记录下来了，后来还出版了一本画册，《留住城市的脚印》。

“我对这家企业的负责人心存感激。但愿所有的房地产商都对城市历史文化有这样一份感情！”毛昭晰说。

2002年，杭州市启动“北山街改造工程”。北山街是一条承载着太多文化积淀的古街，这里有首届西湖博览会旧址，有著名报人史量才为其爱侣建造的秋水山庄，有“民国奇人”张静江的静逸别墅，有蒋经国、杨虎城等名人别墅，一条不长的古街，密布着大批的文物保护单位。然而这项旧城改造工程一旦动工，许多文物古迹又将被毁。

是年5月，杭州市召开历史文化名城保护座谈会，毛昭晰与会发言：“西湖边上的老街，只剩下北山街了，北山街只能保护，不能改造，改造工程会把老建筑改掉，会再造新的房子，这对西湖景观将会造成难以弥补的破坏。”

杭州市领导在会上当即表态：同意毛昭晰的意见。于是这条西湖名街保住了。

毛昭晰抢救下来的文物不计其数：杭州求是书院、郭庄、沙孟海故居、穆斯林先贤古墓园、刘大白墓、张宪资福庙，嵊州古城墙，海宁盐官王国维故居，桐乡乌镇修真观戏台，湖州钱业会馆，长兴二叠纪标准地层——金钉子，慈溪上林湖越窑青瓷窑址群，温州瓯海永昌堡，等等。