通过对比基因数据库中的记录，研究人员发现，古埃及人的基因与当时中东地区居民最为亲密，与新石器时代的安纳托利亚半岛人以及欧洲人也有很近的血缘关系；而过去１５００年中，南部的非洲人基因对当代埃及人基因的“贡献”逐渐增大。

研究人员解释说，尼罗河畔居民流动性增加、撒哈拉以南地区与埃及间频繁的贸易往来以及约１３００年前开始的跨撒哈拉奴隶贸易，可能是造成这种基因流动的原因。

同时，研究人员在分析古埃及人的遗传连续性中还发现，古埃及人的基因结构没有发生太大的变化。这表明，古埃及人的基因相对未受到域外势力，如亚历山大大帝对埃及统治的影响。