1964年，樊锦诗在莫高窟工作

因此，对于石窟寺的研究，要有整体的规划。“仅莫高窟就有735个洞窟，全都要编号，然后按照编号顺序或者时代顺序，逐一调查。对石窟寺的研究，不能仅是文科的研究，也不能仅是考古的研究。各种研究手段都要利用：文字，测量，照相等等；各种学科应该结合起来：化学，美术，历史，佛教研究等等。”

然而在实际操作上是困难重重，比如所谓的最基础测量工作就不简单。从外面看起来，石窟内部都是一个个长方体，但实际并不是标准的形状。樊锦诗回忆道：“敦煌研究院的工作人员一开始不会计算复杂的几何形状，怎么都测不准。而聘请的外来测量队也不能胜任这份工作，因为他们不懂野外考古的专业知识。”樊锦诗和敦煌研究院的其他人员，只能一步步摸索探究测量的方法。敦煌清贫苦寒的研究环境也很难吸引外来人才，他们只能自己慢慢培养人才。

“报告出来我第一个去找宿先生。宿先生不满意我再改，宿先生哪怕骂我，我也不要紧。因为他给我提醒了，给我修改了。直到宿先生点头了，说可以了。”当时北京大学考古系另一位大家——苏秉琦教授鼓励她，“研究汉史的人，都要去读《史记》和《汉书》，你现在做的考古报告就相当于二十四史。”樊锦诗当时就下决心，不能随随便便完成这个考古报告。

樊锦诗和她的团队所要完成的，是一份系统的科学的完整的考古报告，它不同于用眼睛看了画出来的，里面所有的资料都是测量得出。报告发表后，樊锦诗等着大家提意见，“我等着大家批评，等着大家骂人，但是没想到还被赞扬。”樊锦诗却说这是“三个臭皮匠”一起的成果，是北大、清华和中国科学院共同努力的结果。作为研究机构，为国家和社会提供详尽的资料是一种责任。

“做出来之后，好像还可以。但问题是下一步更难。”第一期对于石窟的测量工作取得了成功，第二阶段的工作却更加困难。第二阶段的困难，主要还是技术的困难，要囊括更多方面的资料，需要更多学科的参与。

樊锦诗也对目前的文物保护现状提出了自己的忧虑。“保护是第一位的。为什么是第一呢？只要东西在，我就可以研究，我研究不了的可以给其他老师研究。再然后还可以给下一代研究，只要东西在。东西没有了，你研究什么。 目前各地都在大拆大建，很多文物都面临威胁，地方领导对于保护文物没有积极性。从旧石器时代到现在，中国是有着五千年文明的古国，文物对于证史有着特别重要的意义，没有文字之前的历史只有文物能够证明。”

作为敦煌研究院的第三代掌门人，樊锦诗的经验是，“你不能不旅游，可你也不能不保护呀。然而现在的情况是，很多地方以牺牲文物为代价，开发旅游资源。而很多文物遗产地的工作人员，待遇低工作难。”

樊锦诗的石窟考古成就，正如北大考古文博学院叶侃教授总结的：樊先生做的是最基础的事情，也是最困难的事情，不得不令人钦佩；而考古界不仅仅只有樊先生，还有很多很多的人都在默默地做着基础性工作。