因此，当君主制垮台后，国王花园的教授便提出将犊皮纸博物画藏品收归花园所有。1793年6月10日，国会法令满足了他们这一请愿，国王花园亦变身成国家自然博物馆。至此，尽管犊皮纸博物画藏品仍享有艺术盛誉，但是随着探索新世界带来的大量新物种的发现，它们成为了科学和博物记载的重要手段。博物画将继续使用珍贵的犊皮纸做载体，但是随着社会发展，纸质水彩画也被纳入收藏范围。博物馆成立后，最后一位宫廷细密画师范·斯潘东克成为图像学教授，这门学科非常重要，可与植物学或比较解剖学相媲美。但是，这位图像学新教授不再进行绘画创作，只负责教学工作。他于1822年去世后，该职位被取消，被动物、植物画师两个职位所取代。直到帝国的末期，个别画家仍执着于布景，尤其是尼古拉·马雷夏尔（Nicolas Maréchal），他因精准刻画大自然而扬名，但有时他却不吝啬笔墨去丰富他的描绘对象，例如，为君士坦丁母狮添加三只幼崽，或者将叟猴倒映在冰面，并附箴言：Nosce te ipsum（认识你自己）。亨利-约瑟夫·雷杜德也是这方面的行家，他在埃及时于细料版纸上绘制椰子棕，背景为沙滩，树旁还有一人，这是藏品中唯一带有人物的作品。此外还应提到阿贝耶·德·封丹（Abeille de Fontainne）和皮埃尔-弗朗索瓦·德·瓦伊（Pierre Fran?ois de Wailly）。然而，这些作品的构图无法与同时代某些著作中的彩色插图相提并论，例如罗伯特-约翰·桑顿（Robert John Thornton）的《花之神殿》（The Temple ofFlora， 1807），亦或约翰-詹姆斯·奥杜邦（John James Audubon）的闻名遐迩的《美洲鸟类》（Birds of America，1827—1838年）。帝国后期，除极少数例外（如菲尔明·博库尔（Firmin Bocourt）绘于1854年的眼镜蛇），画作布景彻底消失。因此，1827年，在绘制埃及总督馈赠的长颈鹿时，尼古拉·于埃（Nicolas Huet）使用了纯白色的背景。只在随后为某一业余爱好者重绘此画时，他为之添加了风景和一位戴头巾的人物。

之后，犊皮纸博物画藏品成为了博物馆教授们工作的工具。1804年，一位博物学前教授受委托对藏品进行严格的系统归类。尽管归类工作不完善，却赋予了藏品新的身份。新增的博物画必须署名，此外还要根据林奈命名法进行命名，注明物种的原产地、与原型缩放的比例以及时间。博物画如涉及动物，常附上“参考活物”（d’après le vivant）或“参考展厅样本”（d’après un individu des galeries）。