博物画的色彩运用也值得我们关注。艺术家当然对此非常重视：鲜艳夺目的羽毛、色彩细腻的花瓣都是他们的最爱。然而，博物学家，尤其是植物学家，习惯使用标本，色彩对他们来说是次要的。1700-1702年，克洛德·奥布列陪同图尔内福在地中海东部地区游历。他无法随时为绘制的植物博物画上色，因此他只将主要作品进行水彩上色，对于其他作品，他说：“如果时间允许，我就注明颜色。”然而，一回国，他就为犊皮纸博物画收藏重绘作品并上色，即使他仍时间有限。1763年，在《植物家族》（Familles des plantes）的序言中，米歇尔·阿当松（Michel Adanson）甚至提倡用镌刻取代绘画，以便更精准地表达植物的所有细节。犊皮纸博物画画家期望创造艺术品，但是18世纪的植物学首要关心的仍是对植物进行分类，色彩对其而言并不是一种分类标准。

直到旧制度末期，犊皮纸博物画藏品仍属国王的个人财产，保存在他的图书馆内。然而，继科尔贝以及路易十四去世后，皇家对此兴趣渐淡。相反，国王花园与藏品关系逐渐密切。自1708年开始，藏品画师列入国王花园预算，而不再归属王室。自1735年起，《皇家年鉴》（l’Almanach royal）开始记录画师姓名。总管及教授亦记录在册，三者通常有密切往来。