明清时期，制砚技术日渐成熟，工艺日趋精细，可利用的石材种类也越来越多，砚台之于文人的意义也有所变化。砚台不再仅是挥毫泼墨时的工具，更是置于案头的一件玩物。明代的砚台造型端庄厚重，纹饰不甚繁丽，大件制作居多。文人在砚上镌诗、题铭之风在明代大为盛行，因此砚台的艺术价值逐渐超越了其使用价值，收藏砚台也成了达官贵人附庸风雅的利器。正是如此，明清之后的砚台雕饰工艺精湛，造型美观独特，受到收藏者的喜爱。

清代的制砚产业更加壮大，所用砚材除了前代已有的材料外，还出现了水晶、漆砂、翡翠、象牙、玻璃等名贵材质。清代砚台上的图案内容更加广泛，花草树木、名家书法、印章铭刻等皆匠人雕琢于砚上。清代砚雕把自古有之的各种雕刻手法灵活结合，交错运用，雕工细致，而且所雕出的人物、动物栩栩如生，日月山河波澜壮阔，花草树木形象逼真。康熙、雍正、乾隆年代的砚，款式上继承历代优点，风格多样，取材广泛，为爱砚者最爱。

最早的化石砚就出现在明清时期。当时，有士子用燕子石制砚，所谓的燕子石就是寒武纪三叶虫的化石。三叶虫化石形状、纹理独特，风韵别致，而且石质且易于发墨，深为书家所珍爱。