朱耷的第二个绘画阶段，从六十岁到六十九岁时。开始使用被后人熟知的“八大山人”这一名号，他常把"八大山人"四字连缀起来，仿佛"哭之"、"笑之"，以寄托他哭笑皆不得畅快的痛苦纠结的郁愤，并用一种以“三月十九”四字组成的鹤形符号作为签押，借以寄托怀念故国的深情(甲申三月十九日是明朝灭亡的日子)。这一时期他的画风更趋成熟虽依旧秃笔和疏墨并举，却更加圆融，刚柔并济，含蓄内敛，圆浑醇厚。其画面构图缜密、意境空阔；其笔墨清脱纯净、淋漓酣畅；取物造形旨在意象，笔简意赅，形神兼备，体现出其孤傲落寞清空出世的思想情感。如这幅《鸟石牡丹图》：

鸟石牡丹  立轴水墨纸本

此图为其绘画的常见题材：小鸟拳石，垂柳轻拂，牡丹盛开，刚柔兼济。那颗孤单的石头以拳头的形象，想要击向让人窒息的清朝政府，却势单力薄如拂柳之劲。光秃黯哑斑驳的树干苍凉了观画者的双眼，虽有牡丹盛开却感觉不到一丝的欣喜和快乐。

同所有深感无力的民族主义者一样，朱耷这位具有丰富爱国情操的明朝遗民，痛恨着这位小人得志的清朝，因其皇室后裔的身份，在十九岁的这个正处于人生价值观初步形成的黄金时期，遭遇到家破国亡的巨变，无疑给其以后的思想重大的影响，以至于将这个变化带给他的性格和情感都注入到书画创作的每个线条中，那份悲怆苍凉的情感隐藏于整幅画面里。

其第三个时期的画作，从七十岁到七十九岁时。这个期间其绘画风格大成之时，笔势朴茂雄伟，造型夸张雄奇。他通过象征寓意的手法，并对所画的花鸟、鱼虫进行夸张，以其奇特的形象和简练的造型，使画中形象突出，主题鲜明，其所绘的鱼、鸟之眼一圈一点，眼珠顶着眼圈，一幅"白眼向天"的神情。他画的鸟有些显得很倔强，即使落墨不多，却表现出鸟儿振羽，使人有不可一触，触之即飞的感觉。有些禽鸟拳足缩颈，一副既受欺又不屈的情态，在构图、笔墨上也更加简略。这些形象塑造，无疑是画家自的写照，将“愤慨悲歌，忧愤于世，一一寄情于笔墨”。以此来表现自己孤傲不群、愤世嫉俗的性格，从而创造了一种前所未有的花鸟造型。如下面这两幅《古木双禽图》和《梅竹双禽 》。